2014-01-01から1年間の記事一覧
今日のMIKUセミナーは数学で生命の謎を解くの第5章「種の起源」。
離散外微分で利用できそうなプログラムなどが公開されているのでそれを利用する準備をする。
今日のMIKUセミナーは「数学で生命の謎を解く」の第4章
今日のMIKUセミナーは「数学で生命の謎を解く」の第3章
ディリクレ分布をRとpythonで描いてみるの続き。今回はRで書くのがしんどかったのでpythonのみ。
「数学で生命の謎を解く」2章。
「ベイズ推定とはベイズ主義に基づいて言えば、観測された事象$D$に基づいて推定したい仮説$H$を確率的に求めることを言う。」 ベイズの定理 この確率の更新について元になっているのがベイズの定理と呼ばれているもので $$ P(H_{i}|D) = \dfrac{P(D|H_{i})P…
DNAマイクロアレイのプロットの課題をやってみた。gplotsライブラリのheatmap.2関数を使う場合と点をたくさん描くゴリ押しバージョンの2つを試した。
MIKUに参加してみた。しばらく「数学で生命の謎を解く」の輪読をする。 数学の利用は生物での6番目の革命？ 顕微鏡 分類 進化 遺伝 DNAの構造
これから水曜日の5時15分から統計基礎勉強会に参加する。題材は「統計的学習の基礎」で、機械学習、データマイニングの教科書らしい。このページをまとめページとして利用する。 目次 サポートページ(英語)
第10章は勉強したことを実際に使ってプログラムを書く章であった。実用はともかく新しい概念を勉強したいのでまとめることは時間の関係でパスすることにする。第11章はファンクタ、アプリカティブファンクタである。 ファンクタ、アプリカティブ、モナドにつ…
第4章は微分幾何とは特に関係がなさそうだが立体の感覚を養うためかオイラー・ポアンカレの定理などトポロジーの話題が出てくる。コーディングの話題もある。
第9章はIOの続き。ファイルの読み書き、乱数生成、コマンドライン引数について。前の章と違って具体例が中心である。
第8章はIOが何か、IOでできること、IOの実行タイミングについて。
第3章は外積代数の導入。外積代数は微分幾何と双対?らしい。
(離散)外微分についての調べ物をしている。微分幾何の経験もなく引っかかるところがほとんどないが、とにかくlibDDGの作者のページチュートリアルをこなしていくことにする。最近代数幾何学が流行りらしく、統計が幾何でイメージできるのなら理解したいと思…
ディリクレ過程が分かればLDAなど言語学で使われているモデルが理解できそうなので確率過程を勉強したい。オーム社の確率と確率過程を読んでいる。どうやらマルコフ過程(MCMCで使うやつ)やランダムウォークも理解できそうで去年やっていたことが少し理解でき…
jlistingのインストール。今回は結果的に必要なかったがメモ。 適当にググってjlisting.styをダウンロードする 文字コードがおかしいのでnkf -w --overwrite jlisting.styする。 /usr/local/texlive/2014/texmf-dist/tex/latex/に放り込む。(環境による) 普…
TexLiveがインストールされた環境ならそのまま使い始められる。インストールしていない場合はTex環境のセットアップ in Ubuntu 14.04 (trusty)などをみてインストールする。
第5章は損失関数について。損失関数の計算に真の値を使わずにどう計算するのか気になっていたが事後分布を使うと知って納得。
4章は大数の法則と大数の法則にまつわる注意点について。
第3章はMCMCの原理について。
MCMCの勉強のためにProbabilistic Programming and Bayesian Methods for Hackersを読んだ。翻訳は終わっていないが、日本語版もある。
大学のシラバスコーナーにあった「DNA鑑定 -その能力と限界」を読んだ。10年ほど前の内容で少し古そうと感じることが多かったが、このエントリを書こうとして続編があることに気づいた。絶対に許さない()。
私の今後は？潜伏期・再発 - ryamadaの遺伝学・遺伝統計学メモでガンマ分布を扱っていた。ガンマ分布について調べていると指数分布にも関係があるようだったのでメモ。
色々なデータ型の最大値、最小値のコピペ。自分の環境でIntとかがどれくらいの範囲の値を使えるのか知っておくのは大事だと思う。
この記事には数式の間違いがあるので注意 その1、その2の続き。前回は母集団の推定分布$\hat{F_{K}}$に対して$F_{K}$がどのくらいの位置にいるかを調べた。今回はこの値(p)が、母集団がどのような分布のときにどれくらい誤差を生じるのかを調べたい。
BoostとGSLを計算用にインストールする。
Tex環境のセットアップ in Ubuntu 14.04 (trusty)の続編。 vignetteを使わない場合はそのままで良いが、vignetteを使う場合はRnwファイルがコンパイルできないといけない。
第7章は型と型クラスの作りかたがメインでついでにEitherとファンクタの説明がある。
