上記について、特にdockerのコンテナの終了後がひどくて困っていたのだが、iotopやtopを監視しているとbtrfs-transactionやbtrfs-cleanupというプロセスがIOやCPUを使い切っているらしいことが分かった。調べていると btrfs quata disbale /
というワークアラウンドが紹介されていることが多くて、良く見るとarchwiki にも
警告: Qgroup はまだ安定状態ではなくサブボリュームのスナップショットとクォータを組み合わせると操作によってパフォーマンスに問題をきたします (スナップショットの削除など)。さらに 既知の問題 が存在しています。
と書いてあった。