tak0kadaの何でもノート

発声練習、生存確認用。

医学関連は 医学ノート

空間分割アルゴリズム

三角形に分割された閉曲面(球面)と複数の半直線があったとき、それぞれが交差するかどうかの判定をしたい。レイトレーシングで使用されるようなアルゴリズムとしてはAABB、Quadtree、Octreeなどが見つかった。BVH (Bounding Volume Hierarchies)で領域を木構…

三角メッシュ用のライブラリ書いた

GitHub - tak0kada/cnthd: Halfedge data structure for triangular mesh ハーフエッジデータ構造のC++ライブラリ。面の向き付けがバラバラなファイルに対応しようと思っていたがバグを出してしまって(しかもそれほど使わない機能)書き直す時間が惜しいので…

多次元尺度構成法(MDS)メモ

多次元尺度構成法は複数の要素の間で距離(あるいは距離に類似したもの)が計算できる時、それを用いてデータの数より低い次元を指定して、その次元にデータを配置する手法。

球面調和関数係数で表された物体の回転推定

A Robust Method for Rotation Estimation Using Spherical Harmonics Representation - IEEE Journals & Magazineを実装した。以下はコードを貼り付けたのみ。

n単体の作り方

$(1,1,\ldots,1)^{t}$をQR分解して得られるQ因子は直交行列でかつ、1列目が等しい。ここからn個のn-1次元行ベクトルを取ると、n単体が得られる。 お気持ち証明としては、n個の正規直交基底を、ある1つの次元$z$の値が同じになるように取って、その後その次元…

Antergos Linux Project Ends

antergos.com GUIインストーラ付きArch LinuxであるところのAntergosが開発停止になった。Antergos固有のレポジトリにあるものはAURに移行するのでとりあえず今使用しているシステムは使い続けられる、とのこと。移行先を考えねば...

pythonで.RDataファイルの中身(array)を読み込む

import rpy2.robjects as ro # RDataの中に入っているデータについている名前は事前にRで確認しておく # arrayの次元はhoge$dimで取れないので下記リンクと異なる ro.reval("load(\"test.RData\"); data<-hoge; shape<-dim(hoge)") # https://stackoverflow.…

Wasserstein距離

https://twitter.com/yoriyuki/status/1126423987444015104を見かけた。Wassersteinとは何か調べると、Wasserstein GAN と Kantorovich-Rubinstein 双対性という記事を見つけた。DeepLearningは理解していないが、線形代数的な話題として捉えられるらしい。 …

dockerコマンドメモ

docker login docker pull archlinux/base docker build -t antergos_base . docker -it --rm antergos_base bash docker save antergos_base > antergos_base.tar # tag情報は保存されない docker load < antergos_base.tar # need afterwards: docker tag …

球面調和関数係数(3 x n行列)の可視化

3次元空間にひと塊の形(球と同相)があって、その表面上の点の集合を考える。何らかの方法で塊は球面に変形できて、その変形に伴って点の集合は球面上に写される、と考える。その時、元のX、Y、Z座標をそれぞれ球面上の分布($S^{2} \to \mathrm{R}$)と考える…

pythonからシェルスクリプトを呼び出す

一塊になったシェルスクリプトをリファクタリングしている。 ただ呼び出す場合 import subprocess class ShellException(Exception): pass def shell_exec(cmd: str) -> None: cmd_org = cmd cmd = "set -euxo pipefail\n" + cmd proc = subprocess.run(cmd,…

内積の定義について

微分幾何で接空間を考えているとき、その上で内積を定義する(あるいは普段のユークリッド空間と同じようなものがあると考える)とき、どうやら2種類の流儀があるように見える。(独自研究)

vscodeでmarkdownからpdfに変換する

Makdown MathとMarkdown PDFという拡張機能をインストールしてみた。Visual Studio Code - ArchWikiとError: Failed to lanuch chrome! · Issue #97 · yzane/vscode-markdown-pdf · GitHubを見て取り敢えずchromiumの実行ファイルのパスを入力した(~/.config…

doubleしか入っていないCSVをパースするプログラム

要件はメモリ128GBのPCで70GBのCSVをnp.ndarray形式でメモリに乗せること。np.load_txtも一応試したが、エラーでターミナルやブラウザも巻き込んで落ちた。std::ios::seekdirは相対位置指定にしか使えないはずだが、enumのため型変換されて、引数一つだけで…

pybindでC++からpythonを呼び出す実行ファイルを作る

それほど難しくないはずだが、実際バグらせると無限のコンパイルエラーが出て結構つらい。以下はサンプルコード。

VirtualboxにUSBからWindowsをインストール

VirtualBoxでのUSBデバイス認識 - Qiita: USBを認識できるようにする Extension Packはyay -S virtualbox-ext-oracleでインストール USBを認識したが、virtualboxのブートメニューにusbはなし sudo vboxmanage internalcommands createrawvmdk -filename ~/u…

クラスタリングについてのとても浅い理解

クラスタリングのお勉強をしている

docker内でpython実行するやつ

GitHub - tak0kada/dpythonを書いた。.bashrcにexport PATH="$PATH:~/bin"を追記しておけば、普通のpythonの代わりにdpython、ipythonの代わりにdipythonを使える。$PWDしかマウントしないが、データ解析に使うのにそれ以外のディレクトリにアクセスできる必…

Antergosインストール用スクリプト

シェルスクリプトで大半のソフトウェアがインストールできるようになった。見た目の設定だけはAntergosのインストール後にやることリスト - tak0kadaの何でもノートを見て頑張る必要がある。

デスクトップPCにarch linuxインストールするためのスクリプトたち

結局antergosのインストーラを使ったので供養です。スクリプトだけである程度何とか出来るようになったので多少の成長を認めた。

Gnome 3でモニタの回転を保存する

結論としては~/.config/autostartにシェルスクリプトを実行するdesktopファイルを置くのが楽。GPUを2枚積んでいて、uefiからは1枚目が優先されるようだが、nvidiaのドライバを入れるとGPUの認識順が逆になって1枚目につないだモニタが機能しなくなるのも注意…

Lenovo T480にantergos(or arch linux)をインストールする

普段はcnchiというantergosのインストーラに完全に依存してarch linuxをインストールしていた。最近のpcだとbiosからUEFIに切り替わっているらしい。T480ではWindows efiファイルしか起動できない設定になっているらしく、cnchiは正常に終了してもOSが起動し…

isoファイルを焼く時はddの後に&&syncもするべし

ddだけだとキャッシュに一部のデータが残って書き込まれないらしい Why is sync so important when making a bootable linux usb stick? dd conv=sync,noerror: ddのオプションのsyncはエラーで読めなかったビットを0埋めするもので、&&syncとは意味が違う

import japanize_matplotlib

pip install して import するだけで matplotlib を日本語表示対応させる - Qiita

strict aliasingメモ

Cを高級アセンブラ扱いしているとstrict aliasingに関する未定義動作を引き起こすから注意するようにというツイートを見た。以下駄文。

Sony E3 (D2243)のカスタムROM導入 (その2)

Sony E3 (D2243)のアンロック - tak0kadaの何でもノートの続きである。久しぶりに時間を取れたのでインストールの続きをした。時間を要したのでケチらずもう少し新しいデバイスを買うべきだった。あとカメラとフラッシュライトが機能しない。ただし新しいア…

R Package development using Rcpp

Minimal procedure to make R package

とりあえずAntergosをdockerで動かすためのDockerfileなど

です。Dockerfile分からない。

Rでマンデルブロ集合をプロットする

マンデルブロ集合をRで計算する。並列化の練習もしてみる。

共役勾配法(CG法)メモ

共役勾配法は連立一次方程式($Ax=b$、Aは対称正定値行列)やエネルギー最適化を漸近的に解くための反復アルゴリズム 共役勾配法 - Qiita 現在の座標$x_{k}$でのHessianや勾配はエネルギー関数$f$を問わず簡単に計算できるので、これを用いて次の座標$x_{k+1}$…