tak0kadaの何でもノート

発声練習、生存確認用。

医学関連は 医学ノート

球面調和関数関連の論文

調べたものの読み切れないのでリストを放出する。良さそうな論文はリンク先に有用そうな実装情報があったりする。(読んでいないと明記されているものは全く読んでいないが、それ以外もきちんと読んだわけではないことに注意)

vispyで.objファイルをプロットする

OpenGLを使わずに.obj形式のメッシュの可視化を自由にしたい。vispyを試してみたところ、簡単だがOpenGLなしでは自由な表現が出来なかった。開発中で実装が充実している最中なので今後もっと使いやすくなるかも。以下メモ。

不連続な関数f(θ, Φ)の球面調和関数展開

球面上に分布する不連続な値を球面調和関数展開するコードを書いた。

mikutter

Linux上のmikutterでリンクをクリックしたらMac上のブラウザで表示する方法 - かーねる・う゛いえむにっき mikutterプラグインメモ - Togetterまとめ

Rcpp参考資料

Rcpp: Seamless R and C++ Integration: Rcpp本家サイト。Rcppを利用した便利なパッケージのリストもある。 Introduction to Rcpp - GitBook: 教科書

RのC実装(資料)

少し理解度が上がったのでggり直したら日本語の分かりやすい資料が出てきた。 http://www.slideshare.net/abicky/r-15350295: SEXPREC構造体とGC http://qiita.com/R_Linux/items/05e1848eee064c25cd1e: gdb http://qiita.com/kohske/items/a7a1f51726ea2cb2…

RのオブジェクトのC実装

以下https://cran.r-project.org/doc/manuals/r-release/R-ints.htmlとコードを眺めながら書いた駄文。ドキュメントは充実しているので良い。その他書き足す気力が失われたがmode、typeof、is.XX関数は重要と思われる。コードを読んでいると結局Rのオブジェ…

Rのクラス(S3~R6)

R

Rのオブジェクト指向について。細かい表現(=が入るかどうかなど)についてはリンク先で確認する。

Rの関数コールグラフ

Rのオブジェクト指向について調べていて、S3はlistだという表現が比喩なのかlistを使って実装されているのか気になった。ついでにS4クラスなどの実装も軽く調べておく。

Doxygenで生成されるdotファイルの種類

doxygenを実行すると、htmlディレクトリの下にdotファイルが複数生成される。シェルスクリプト弱者なので import glob dotfiles = glob.glob('*.dot') としてdotファイル名のリストを得て、ソートしたりなどして分類した。

pydotplusでdoxygenで生成したdotファイルを操作する

dot言語はグラフ構造をテキストファイルで表したもの。pydotというライブラリが有名だそうだが、手元で動かなかったためpydotplus(pydotplus 2.0.2 : Python Package Index)というライブラリをインストールした。dotファイルを読み込んだあとは基本的にgette…

MAプロット、RAプロット、Bland-Altmanプロット

抄読会でRNA-seqのデータ処理についての話を聞いて、その中で出てきたプロットが気になったのでpythonでやってみた。実際に可視化するときはRのパッケージを使ったほうが楽だと思う。

Point Cloud Library

3次元の点群を扱うライブラリ PCL - Point Cloud Library (PCL) PCLを触ってみよう! | DERiVE コンピュータビジョン ブログ Point Cloud Library (PCL)の各モジュールの概要 - MyEnigma 法線推定 Documentation - Point Cloud Library (PCL) 【シリーズ】「…

Poisson Image Editing

以前の記事で利用したPoisson Surface Reconstructionのアルゴリズムを調べる前に2次元でポアソン方程式を解く手法について調べたところ、Poisson Image Editingを見つけた。この手法を3次元に拡張すると3次元メッシュも変形できる。

CGALのサンプルを実行する(その3)

http://doc.cgal.org/latest/Point_set_processing_3/index.html#Point_set_processing_3NormalOrientation を少し変更して実行した。

CGALのサンプルを実行する(その2)

前回の記事に続いてCGAL 4.8 - Point Set Processing: User Manualを実行してみる。aptで拾ってきたcgalだとバグがあるようで型エラーが取れなかったのでgithubからダウンロードしたソースコードをビルドして利用した。

CGALのサンプルを実行する

CGAL 4.8 - Poisson Surface Reconstruction: User Manualを実行した。以下概要。

Rの並列化

R

Rも並列化で高速化することが可能らしい。使うパッケージとしてはRmpi、snow、pforeachがある。pforeachが一番後発なので多分使いやすいのだろう? Rmpi MPI Tutorial for R (Rmpi) MPIクラスタとRstudioを併用した中規模データの分析レポート作成の実際 snow…

ガウス曲率K、平均曲率Hの計算

Differential Forms with Applications to the Physical Sciencesのp.48の6番でz=f(x,y)と表せるような曲面についてガウス曲率Kと平均曲率Hを求める問題がある。これをsympyでやってみる。

プロの仕事とは

定められた時間内、制約内で確実に結果を出すのがプロフェッショナルである。今研究室でしている作業は他人の研究成果をコードに落とし込んでデータを解析するというエンジニア的なことなのだが、どうにも作業が進まない。というのも、自分には完璧主義的な…

「幾何学的に理解する物理数学」を読んだ

サイエンス社SGCライブラリの幾何学的に理解する物理数学を微積分を理解するために読んだ。初心者に分かりやすく、浅く広く勉強するのには便利な教科書だが、誤植(と初学者並に思う)が所々あるので証明の間を埋めるのに少し時間を要した。テンソル、複素解析…

PySideについての調べもの

GUIアプリケーションを書こうと思い、PySideについて調べた。

メッシュ上の数値積分

実際にはメッシュの頂点上に与えられた離散的な関数を球面調和関数で展開する 球面調和関数は連続なのでできる限りその情報を失わないようにしたい 連続関数のメッシュ上での積分はガウス求積が一般的に用いられる ガウス求積 - Wikipedia ガウス=クロンロ…

超古典的な数値積分手法

いくつか調べた中で区間を等間隔して積分するという最も単純なものを列挙する。

sympyで行列計算

物理数学の教科書を読んでいて文字入りの逆行列の計算が合わなかったのでsympyを使った。sympyがインストールされていなければSymPy Liveが少し遅いが便利。 from sympy import * l, m, s = symbols("λ μ σ") A = Matrix([[l + 2 * m, l, l], [l, l + 2 * m,…

連続な関数f(θ, φ)の球面調和関数展開

球面調和関数の係数を求めるには、$c_{l}^{m} = <f, Y_{l}^{m}>$として内積を取る。数学的にはこれで終わりだが、現実に係数を得るには積分計算のところを数値計算する必要がある。</f,>

球面調和関数とその可視化

球面上のポテンシャルなど極座標表示できるものを関数と表すとする。離散データは容量がかさばるのと特徴をつかみにくいという問題点があるので何らかの方法で連続化して表せると良い。そこで用いられる方法の一つが球面調和関数による展開である(他には球面…

球面メッシュ

球面三角形メッシュ - ryamadaのコンピュータ・数学メモにあるRのコードをC++に翻訳した。

argc、argv

int main( int argc, char* argv[] ) { std::cout << "argc: " << argc << std::endl; std::cout << "argv: " << "\n" << "0 " << argv[0] << "\n" << "1 " << argv[1] << "\n" << "2 " << argv[2] << "\n" << "3 " << argv[3] << std::endl; } INPUT ./a.ou…

外積の公式

外積は内積と違って可換ではないし都合よく計算するのが難しいが、それなりに公式と言えそうなものがあるのでメモ。