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tak0kadaの何でもノート

発声練習、生存確認用。

医学関連は 医学ノート

超古典的な数値積分手法

いくつか調べた中で区間を等間隔して積分するという最も単純なものを列挙する。

sympyで行列計算

物理数学の教科書を読んでいて文字入りの逆行列の計算が合わなかったのでsympyを使った。sympyがインストールされていなければSymPy Liveが少し遅いが便利。 from sympy import * l, m, s = symbols("λ μ σ") A = Matrix([[l + 2 * m, l, l], [l, l + 2 * m,…

連続な関数f(θ, φ)の球面調和関数展開

球面調和関数の係数を求めるには、$c_{l}^{m} = <f, Y_{l}^{m}>$として内積を取る。数学的にはこれで終わりだが、現実に係数を得るには積分計算のところを数値計算する必要がある。</f,>

球面調和関数とその可視化

球面上のポテンシャルなど極座標表示できるものを関数$f(\theta, \phi)$と表すとする。離散データは容量がかさばるのと特徴をつかみにくいという問題点があるので何らかの方法で連続化して表せると良い。そこで用いられる方法の一つが球面調和関数による展開…

球面メッシュ

球面三角形メッシュ - ryamadaのコンピュータ・数学メモにあるRのコードをC++に翻訳した。

argc、argv

int main( int argc, char* argv[] ) { std::cout << "argc: " << argc << std::endl; std::cout << "argv: " << "\n" << "0 " << argv[0] << "\n" << "1 " << argv[1] << "\n" << "2 " << argv[2] << "\n" << "3 " << argv[3] << std::endl; } INPUT ./a.ou…

外積の公式

外積は内積と違って可換ではないし都合よく計算するのが難しいが、それなりに公式と言えそうなものがあるのでメモ。

OpenGL関連ライブラリ

OpenGLはクロスプラットフォームのグラフィックスAPI。プラットフォームに依存の機能はないので補助ライブラリとセットで用いる。以下のサードパーティライブラリはクロスプラットフォームに使えるものを挙げている。どれも同じというわけでなく、OpenGLその…

「Imitation, Genetic Lineages, and Time Influenced the Morphological Evolution of the Violin」を読んだ

細胞の形の分析に取り組んでいるわけだが、バイオリンの形に関する分析の論文があったので読んでみた。以下は手法と解釈についてのメモ。数学的に厳密な理解までは手が届いていない。

ライブラリのビルド時の依存関係の解決

拾い物のアプリケーションをコンパイルしようとして依存関係を解決できない時のメモ。

ボクセルデータのメッシュ化

セグメンテーション済み画像データからのメッシュ化 ボクセルデータからメッシュを作ることになるので調べものをしたところ、[Insight-users] mesh creation from segmented imageを見つけた。このアルゴリズムについてはWikipedia、Marching Cubes 作業メモ…

「SCRUM BOOT CAMP THE BOOK」を読んだ

プログラム開発におけるチームマネージメントについて勉強した。 追記: 4つのタイプ別-上手な仕事のお願い方法- : SEのTips工房も面白い

細胞トラッキングで読んでみたい論文リスト

※まだ読んでいないので有意義でないものを多く含んでいる可能性がある点に注意

pkg-configメモ

pkg-configはライブラリを利用する際に必要となる各種フラグやパス等を、共通したインターフェースで提供でするための手段である。(wikipediaより) pkg-configに対応していて.pcファイルを生成するライブラリなら利用できる。 pkg-config --cflags opencv --…

ubuntu gnomeのインストール後にすることリスト

ubuntuで公式に採用しているunityよりもgnome shellの方が使いやすいので、https://ubuntugnome.org/をインストールする。(15.10)

NF見学メモ

11月祭を見てきたので感想など。

整数のオーバーフロー対策

project euler 66を解いていて力任せなコードでunsigned long型のxについてx2を計算したらオーバーフローしてしまった。 オーバーフロー検出としては以前利用したlimits.hをインクルードして、 #include<limits.h> if (x > ULONG_MAX / x) return 1; とするか、gccなら</limits.h>…

ペル方程式

C++の練習がてらProject Eulerの続きを解いている。66番はx2-Dy2=1を満たす自然数x,yが存在するD(ただし1<=D<=1000、平方数でない)のうちxが最大になるものを求めるというもの。 ペル方程式についてはペル方程式とチェビシェフ多項式(その1)に性質の解説…

dicomファイルの構造

簡易DICOM Viewerをつくろうを参考にしつつ、DICOM sample image setsのデータを試しに開いてみることにする。

トゥークリップ

トゥークリップ買った。クリップ+紐で700円。 茨城県サイクリング協会_いろいろ_トークリップ 競輪流 トウストラップの通し方紹介 ( 自転車 ) - 完覇! 超記録!! - Yahoo!ブログ

ownCloudインストールメモ

ownCloudとSambaを使ってバックアップを取れるようにしたい。

DICOMに関する情報

DICOMファイル - メディカルウェア DICOMビューアー - メディカルウェア DICOMサーバー - メディカルウェア 高精細モニター - メディカルウェア

dicomライブラリ選定(その1)

DICOM(Digital Imaging and COmmunication in Medicine)はCTやMRIなどの医療画像ファイルや通信プロトコルの標準規格。ウィキペディアによるとメーカーごとに細かい違い(方言)が多い規格のよう。

「ロスマンの疫学」第1~3章を読んだ

一人で勉強するのは辛いものだが、後輩が疫学に興味を持っているということなので、ロスマンの疫学の勉強会をすることにした。章末問題があるが、問題と解答が英語だが公開されているので毎回確認していく(が、以下の答えは自分勝手に書いたものなので気にな…

JansrudとLigetyのダウンヒルの滑りの比較

あまりDHは見ないけれど、高速系のスペシャリスト、ヤンスルーの動画とMr. GSことリゲティの動画を見比べている。見る目がないのでこれくらい明らかなものでもいまいち分からないのが残念。(音が出るので注意)

スキーの型

スキー技術について2chでの騒々しい不毛なやり取りの中で見つけた(Skiing Assessment | USSA)のでメモ。アメリカのスキー協会の基礎スキルの評価項目で、ややこしい理屈の説明はないけれど基礎メニューとして良さそう。

「データ解析の実務プロセス入門」を読んだ

データ解析の実務プロセス入門 | 森北出版株式会社を読んだ。 この本は統計手法についての解説はほとんど含んでいない本で、「数学屋」ではなく「統計屋」のための参考書だと感じた。内容としてはデータ解析の利点、限界の解説や、実際の業務のプロセス全て…

Wright–Fisher モデルについて

遺伝的浮動とは ある集団内で特定の遺伝子の占める割合が偶然に変動する現象。 Wright-Fisherモデル 世代ごとに個体がが総入れ替え、遺伝子は親世代の遺伝子プールからの無作為抽出とみなすモデル。

法数学セミナー by Charles Brenner

去年のメモがなぜか(後半のcontinuous methodについて調べものをしてからupしようみたいな意図で放置されていたのだろうが...)発掘されたので公開。 κメソッドやDNA-VIEWで有名なCharles Brennerのセミナーが法医学教室の主催で開かれたので参加してきた。専…

p値ハッキングについての論文を読んだ

PLOS Biology: The Extent and Consequences of P-Hacking in Scienceを読んだ。 世の中にはp値が小さい(つまり統計的に有意)なデータが尊ばれる傾向がある。そうすると発表される結果は有意なものばかりだし、悪ければ詐称かもしれない。間違った結果を集め…

「Cの絵本」第5章~第8章、付録を読んだ

http://takuyaokada.hatenablog.com/entry/20150522/1432221634の続き。

「Cの絵本」第1章~第4章を読んだ

以前「C++の絵本」を読んだが、ポインタ回りの理解が緩い気がするので念のため「Cの絵本」も読んでみる 「C++の絵本」を読んだ - (1章〜5章) 「C++の絵本」を読んだ - (6章〜9章)

家庭教師の課題を作るためのシェルスクリプト

アルバイトでやっている家庭教師の課題を自動で作ろうという試み。本当はmakefile(http://qiita.com/mountcedar/items/e7603c2eb65661369c3b)とかrakefile(http://mizchi.hatenablog.com/entry/2014/01/20/090957)を使うらしいのだけれど、情弱でままならな…

4次元細胞データによる細胞移動の論文たち

(3次元+時間)の4次元データを取り扱うための情報収集兼イメージ作り。以下の論文たちは乱読したもので正確なレビューではないことに注意。引用された文献やsupplementの情報から画像処理の方法やアルゴリズムは別にまとめる予定。

Matlabファイルのpythonでの読み込み

.matというmatlabのファイルを拾ってきた。これをpythonで開きたい。 基本的にはscipy.io.loadmatを利用すればいいが、scipy.io.loadmat — SciPy v0.15.1 Reference Guideにあるように、v7.3フォーマットではHDF5のためのライブラリh5pyを利用する必要がある…

Felix Neureutherの片足スキー動画

ドイツのアルペンスキー選手でスラローム(回転)競技が得意な選手。ターンが優しくて綺麗ということでよく動画を見る。

「統計的学習の基礎」第2章を読んだ - その1

第2章は教師あり学習の概要。予測と決定理論を区別して理解する。 TDOO: コードの追加

MIKUセミナー2014/12/3

今日のMIKUセミナーは数学で生命の謎を解くの第5章「種の起源」。

libDDGのコンパイル

離散外微分で利用できそうなプログラムなどが公開されているのでそれを利用する準備をする。

MIKUセミナー11/26

今日のMIKUセミナーは「数学で生命の謎を解く」の第4章

MIKUセミナー11/12

今日のMIKUセミナーは「数学で生命の謎を解く」の第3章

ディリクレ分布を立体的に表示する

ディリクレ分布をRとpythonで描いてみるの続き。今回はRで書くのがしんどかったのでpythonのみ。

MIKUセミナー11/5

「数学で生命の謎を解く」2章。

ベイズ推定とは

「ベイズ推定とはベイズ主義に基づいて言えば、観測された事象$D$に基づいて推定したい仮説$H$を確率的に求めることを言う。」 ベイズの定理 この確率の更新について元になっているのがベイズの定理と呼ばれているもので $$ P(H_{i}|D) = \dfrac{P(D|H_{i})P…

DNAマイクロアレイのプロット

DNAマイクロアレイのプロットの課題をやってみた。gplotsライブラリのheatmap.2関数を使う場合と点をたくさん描くゴリ押しバージョンの2つを試した。

MIKUセミナー10/29

MIKUに参加してみた。しばらく「数学で生命の謎を解く」の輪読をする。 数学の利用は生物での6番目の革命? 顕微鏡 分類 進化 遺伝 DNAの構造

「統計的学習の基礎」第1章を読んだ

これから水曜日の5時15分から統計基礎勉強会に参加する。題材は「統計的学習の基礎」で、機械学習、データマイニングの教科書らしい。このページをまとめページとして利用する。 目次 サポートページ(英語)

「Learn You a Haskell for Great Good!」第11章を読んだ

第10章は勉強したことを実際に使ってプログラムを書く章であった。実用はともかく新しい概念を勉強したいのでまとめることは時間の関係でパスすることにする。第11章はファンクタ、アプリカティブファンクタである。 ファンクタ、アプリカティブ、モナドにつ…

「Digital Geometry Processing with Discrete Exterior Calculus」第4章を読んだ

第4章は微分幾何とは特に関係がなさそうだが立体の感覚を養うためかオイラー・ポアンカレの定理などトポロジーの話題が出てくる。コーディングの話題もある。

「Learn You a Haskell for Great Good!」第9章を読んだ

第9章はIOの続き。ファイルの読み書き、乱数生成、コマンドライン引数について。前の章と違って具体例が中心である。