(完全に老化が進行している...)
C++のコードから簡単にmatplotlibを使ってグラフを作成する方法 - MyEnigma CinderでiPadアプリを実装してみた | Preferred Research でらうま倶楽部 : cinder を含む記事 VTK - The Visualization Toolkit VTK/Tutorials - KitwarePublic
調べたものの読み切れないのでリストを放出する。良さそうな論文はリンク先に有用そうな実装情報があったりする。(読んでいないと明記されているものは全く読んでいないが、それ以外もきちんと読んだわけではないことに注意)
OpenGLを使わずに.obj形式のメッシュの可視化を自由にしたい。vispyを試してみたところ、簡単だがOpenGLなしでは自由な表現が出来なかった。開発中で実装が充実している最中なので今後もっと使いやすくなるかも。以下メモ。
球面上に分布する不連続な値を球面調和関数展開するコードを書いた。 実装に恐らく誤りがあり、参考にしないほうが良いと思われる
Linux上のmikutterでリンクをクリックしたらMac上のブラウザで表示する方法 - かーねる・う゛いえむにっき mikutterプラグインメモ - Togetterまとめ
Rcpp: Seamless R and C++ Integration: Rcpp本家サイト。Rcppを利用した便利なパッケージのリストもある。 Introduction to Rcpp - GitBook: 教科書
少し理解度が上がったのでggり直したら日本語の分かりやすい資料が出てきた。 http://www.slideshare.net/abicky/r-15350295: SEXPREC構造体とGC http://qiita.com/R_Linux/items/05e1848eee064c25cd1e: gdb http://qiita.com/kohske/items/a7a1f51726ea2cb2…
以下https://cran.r-project.org/doc/manuals/r-release/R-ints.htmlとコードを眺めながら書いた駄文。ドキュメントは充実しているので良い。その他書き足す気力が失われたがmode、typeof、is.XX関数は重要と思われる。コードを読んでいると結局Rのオブジェ…
Rのオブジェクト指向について。細かい表現(=が入るかどうかなど)についてはリンク先で確認する。
Rのオブジェクト指向について調べていて、S3はlistだという表現が比喩なのかlistを使って実装されているのか気になった。ついでにS4クラスなどの実装も軽く調べておく。
doxygenを実行すると、htmlディレクトリの下にdotファイルが複数生成される。シェルスクリプト弱者なので import glob dotfiles = glob.glob('*.dot') としてdotファイル名のリストを得て、ソートしたりなどして分類した。
dot言語はグラフ構造をテキストファイルで表したもの。pydotというライブラリが有名だそうだが、手元で動かなかったためpydotplus(pydotplus 2.0.2 : Python Package Index)というライブラリをインストールした。dotファイルを読み込んだあとは基本的にgette…
抄読会でRNA-seqのデータ処理についての話を聞いて、その中で出てきたプロットが気になったのでpythonでやってみた。実際に可視化するときはRのパッケージを使ったほうが楽だと思う。
3次元の点群を扱うライブラリ PCL - Point Cloud Library (PCL) PCLを触ってみよう！ | DERiVE コンピュータビジョン ブログ Point Cloud Library (PCL)の各モジュールの概要 - MyEnigma 法線推定 Documentation - Point Cloud Library (PCL) 【シリーズ】「…
以前の記事で利用したPoisson Surface Reconstructionのアルゴリズムを調べる前に2次元でポアソン方程式を解く手法について調べたところ、Poisson Image Editingを見つけた。この手法を3次元に拡張すると3次元メッシュも変形できる。
http://doc.cgal.org/latest/Point_set_processing_3/index.html#Point_set_processing_3NormalOrientation を少し変更して実行した。
前回の記事に続いてCGAL 4.8 - Point Set Processing: User Manualを実行してみる。aptで拾ってきたcgalだとバグがあるようで型エラーが取れなかったのでgithubからダウンロードしたソースコードをビルドして利用した。
CGAL 4.8 - Poisson Surface Reconstruction: User Manualを実行した。以下概要。
Rも並列化で高速化することが可能らしい。使うパッケージとしてはRmpi、snow、pforeachがある。pforeachが一番後発なので多分使いやすいのだろう? Rmpi MPI Tutorial for R (Rmpi) MPIクラスタとRstudioを併用した中規模データの分析レポート作成の実際 snow…
Differential Forms with Applications to the Physical Sciencesのp.48の6番でz=f(x,y)と表せるような曲面についてガウス曲率Kと平均曲率Hを求める問題がある。これをsympyでやってみる。
定められた時間内、制約内で確実に結果を出すのがプロフェッショナルである。今研究室でしている作業は他人の研究成果をコードに落とし込んでデータを解析するというエンジニア的なことなのだが、どうにも作業が進まない。というのも、自分には完璧主義的な…
サイエンス社SGCライブラリの幾何学的に理解する物理数学を微積分を理解するために読んだ。初心者に分かりやすく、浅く広く勉強するのには便利な教科書だが、誤植(と初学者並に思う)が所々あるので証明の間を埋めるのに少し時間を要した。テンソル、複素解析…
GUIアプリケーションを書こうと思い、PySideについて調べた。
実際にはメッシュの頂点上に与えられた離散的な関数を球面調和関数で展開する 球面調和関数は連続なのでできる限りその情報を失わないようにしたい 連続関数のメッシュ上での積分はガウス求積が一般的に用いられる ガウス求積 - Wikipedia ガウス＝クロンロ…
いくつか調べた中で区間を等間隔して積分するという最も単純なものを列挙する。
物理数学の教科書を読んでいて文字入りの逆行列の計算が合わなかったのでsympyを使った。sympyがインストールされていなければSymPy Liveが少し遅いが便利。 from sympy import * l, m, s = symbols("λ μ σ") A = Matrix([[l + 2 * m, l, l], [l, l + 2 * m,…
球面調和関数の係数を求めるには、$c_{l}^{m} = <f, Y_{l}^{m}>$として内積を取る。数学的にはこれで終わりだが、現実に係数を得るには積分計算のところを数値計算する必要がある。</f,>
球面上のポテンシャルなど極座標表示できるものを関数と表すとする。離散データは容量がかさばるのと特徴をつかみにくいという問題点があるので何らかの方法で連続化して表せると良い。そこで用いられる方法の一つが球面調和関数による展開である(他には球面…
2015-04-06にあるRのコードをC++に翻訳した。
