tak0kadaの何でもノート

発声練習、生存確認用。

医学関連は 医学ノート

R

Rでのダックタイピング

R

先日参加した1細胞RNAseq解析勉強会は基本的なRプログラミングとシーケンサーから少し前処理したあとのリード数データの取り扱いについての講義であった。司会の先生が格好良くライブコーディングを披露されていたのでそれを観察していたのだが、一般的なオ…

Rでビット演算

R

Rでビット演算をしてみたい。2進数表記にはR.utilsを使うと良さそう。

RのC実装(資料)

少し理解度が上がったのでggり直したら日本語の分かりやすい資料が出てきた。 http://www.slideshare.net/abicky/r-15350295: SEXPREC構造体とGC http://qiita.com/R_Linux/items/05e1848eee064c25cd1e: gdb http://qiita.com/kohske/items/a7a1f51726ea2cb2…

RのオブジェクトのC実装

以下https://cran.r-project.org/doc/manuals/r-release/R-ints.htmlとコードを眺めながら書いた駄文。ドキュメントは充実しているので良い。その他書き足す気力が失われたがmode、typeof、is.XX関数は重要と思われる。コードを読んでいると結局Rのオブジェ…

Rのクラス(S3~R6)

R

Rのオブジェクト指向について。細かい表現(=が入るかどうかなど)についてはリンク先で確認する。

Rの関数コールグラフ

Rのオブジェクト指向について調べていて、S3はlistだという表現が比喩なのかlistを使って実装されているのか気になった。ついでにS4クラスなどの実装も軽く調べておく。

Rの並列化

R

Rも並列化で高速化することが可能らしい。使うパッケージとしてはRmpi、snow、pforeachがある。pforeachが一番後発なので多分使いやすいのだろう? Rmpi MPI Tutorial for R (Rmpi) MPIクラスタとRstudioを併用した中規模データの分析レポート作成の実際 snow…

Wright–Fisher モデルについて

遺伝的浮動とは ある集団内で特定の遺伝子の占める割合が偶然に変動する現象。 Wright-Fisherモデル 世代ごとに個体がが総入れ替え、遺伝子は親世代の遺伝子プールからの無作為抽出とみなすモデル。

DNAマイクロアレイのプロット

DNAマイクロアレイのプロットの課題をやってみた。gplotsライブラリのheatmap.2関数を使う場合と点をたくさん描くゴリ押しバージョンの2つを試した。

RのためのTex環境のセットアップ in Ubuntu 14.04 (trusty)

Tex環境のセットアップ in Ubuntu 14.04 (trusty)の続編。 vignetteを使わない場合はそのままで良いが、vignetteを使う場合はRnwファイルがコンパイルできないといけない。

ipython notebookの使い方

ipython、ipython notebookの使い方のまとめ(随時更新)。

統計検定3級の教科書を読んだ

統計の分野で使われる考え方を押さえていく。3級は高校生レベルだが一応確認しておきたかったので日本統計学会公認の教科書を読んだ。

igaph、kinship2を使ってみる

遺伝子の変異とかを扱うときに便利かもしれないし気になるので使ってみた。

ジュリア集合をプロットしてみる

ジュリア集合 $z, c \in \mathbf{C}$に対して、漸化式$z_{n+1} = z_{n} + c$を考える。この漸化式に任意の$z_{0}$を代入して計算していくと発散するものと有界なものに分かれる。有界なものの集合を$K_{c}$、$K_{c}$の境界$\partial K_{c}$を$J_{c}$とする。…

Rの乱数関数の名前について

pxxxとqxxxを毎回逆に使ってしまうのでメモ。 名前 意味 rxxx 分布に従って乱数生成 dxxx 確率密度(PDF) pxxx 分位点を受け取って累積分布関数(CDF)を返す。 qxxx CDFを受け取って分位点を返す。 > sum(dbinom(x=0:5, size=10, prob=0.5)) [1] 0.6230469 > p…

Rのパッケージングについて(その1)

R

Rのパッケージングについて調べている。日本語のまとまった情報があまりないのでまとめておく。 その1はパッケージングの基本について手を動かさなくてもいいような説明を、その2では実際にパッケージングをやってみる。 ツールについて devtools, roxygen2,…

devtools, roxygen2, testthatのインストール

Rのパッケージング関連でAdvanced Rを読んだが、install.package("devtools")してもパッケージが入らない。 警告メッセージ: 1: In install.packages("devtools") : パッケージ ‘RCurl’ のインストールは、ゼロでない終了値をもちました 2: In install.packa…

Rの行列とベクトルの積について

R

a <- matrix(seq(6), 2, 3) b <- c(0, 0, 1) c <- c(0, 1) # 結果 > a [,1] [,2] [,3] [1,] 1 3 5 [2,] 2 4 6 > b [1] 0 0 1 > c [1] 0 1 # 期待通りの結果 > a * c [,1] [,2] [,3] [1,] 0 0 0 [2,] 2 4 6 # 期待と違う > a * b [,1] [,2] [,3] [1,] 0 3 0 […

種類数の予測(その2) - 「thinkbayes」第15章

この記事には数式の間違いがあるので注意 その1では与えられたデータから分布を予測したが、今回はシミュレーションを通して母集団に与えるパラメータが推定精度にどのような影響を与えるか調べたい。

種類数の予測(その1) - 「thinkbayes」第15章

この記事には数式の間違いがあるので注意 thinkbayesの第15章では「belly buttom bacteria」の数を予測する問題を取り扱っている。テキストではシミュレーションによって予測していたが、解析的に解けることが分かったのでメモ。

ディリクレ分布をRとpythonで描いてみる

ディリクレ分布 $$ p(\mathbf{x}, \mathbf{\alpha}) = \dfrac{1}{B(\mathbf{\alpha})}\prod x_{i}^{a_{i}-1} $$ $$ B(\mathbf{\alpha}) = \dfrac{\prod(\Gamma a_i)}{\Gamma(\sum a_{i})} $$ ベータ分布と同じく式の中にベータ関数が含まれていて、多次元ベ…

2項分布、ベータ分布をRとpythonで描いてみる

2項分布 R $$ P(X=k) = \begin{pmatrix} n\\ k\\ \end{pmatrix} p^{k}(1-p)^{n-k} $$