tak0kadaの何でもノート

発声練習、生存確認用。

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RのオブジェクトのC実装

R C、C++

以下https://cran.r-project.org/doc/manuals/r-release/R-ints.htmlとコードを眺めながら書いた駄文。ドキュメントは充実しているので良い。その他書き足す気力が失われたがmode、typeof、is.XX関数は重要と思われる。コードを読んでいると結局Rのオブジェクトを表すSEXPREC構造体の要素を理解しているか(していないので厳しい)がコード全体の理解のポイントではないかと思った。

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Rの関数コールグラフ

R doxygen dot言語

Rのオブジェクト指向について調べていて、S3はlistだという表現が比喩なのかlistを使って実装されているのか気になった。ついでにS4クラスなどの実装も軽く調べておく。

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Doxygenで生成されるdotファイルの種類

dot言語 doxygen

doxygenを実行すると、htmlディレクトリの下にdotファイルが複数生成される。シェルスクリプト弱者なので

import glob
dotfiles = glob.glob('*.dot')

としてdotファイル名のリストを得て、ソートしたりなどして分類した。

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pydotplusでdoxygenで生成したdotファイルを操作する

dot言語

dot言語はグラフ構造をテキストファイルで表したもの。pydotというライブラリが有名だそうだが、手元で動かなかったためpydotplus(pydotplus 2.0.2 : Python Package Index)というライブラリをインストールした。dotファイルを読み込んだあとは基本的にgetter/setterで値にアクセスする。pythonでgetter/setter書く例は少ないので実装を確認したところ、メンバ変数は実際には辞書で登録されていた。

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MAプロット、RAプロット、Bland-Altmanプロット

可視化 RNA-seq pandas

抄読会でRNA-seqのデータ処理についての話を聞いて、その中で出てきたプロットが気になったのでpythonでやってみた。実際に可視化するときはRのパッケージを使ったほうが楽だと思う。

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Point Cloud Library

Point Cloud

3次元の点群を扱うライブラリ

法線推定