tak0kadaの何でもノート

発声練習、生存確認用。

医学関連は 医学ノート

dicomファイルをまとめて変換するスクリプト

病院で学術用途で匿名化された画像ファイルの出力を依頼すると、

/run/media/tak0kada/dvd/DICOM
|--00000000
|  |--00000000
|  |--00000001
|--00000001
...
|--_DCM_INF
|  |--00000000
|  |  |--_DCM_IDX.txt
|  |  |--overlay.txt
...

というディレクトリ構成のDVDをもらえる。dicomファイルは00000000、00000001と連番になっており、画像/動画データである。スクリプトでまとめて変換したい。pydicomだと難しそうだったがsitkとopencvで動画も出力できた。以下詳細。

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Rでのダックタイピング

先日参加した1細胞RNAseq解析勉強会は基本的なRプログラミングとシーケンサーから少し前処理したあとのリード数データの取り扱いについての講義であった。司会の先生が格好良くライブコーディングを披露されていたのでそれを観察していたのだが、一般的なオブジェクトに対してcolSumsを適用する場面があり面食らった。

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研修ローテーションをプログラムで決める

初期研修医が8人いる某病院にて、彼(女)らが色々な診療科を回る順番を決めることになった。珍しいことに、そのうちの1人がプログラムで決めると言い張ったためパソコンによる厳正なマッチングが行われた。以下はプログラム片とコメント。

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vimプラグイン作り方

chrootなど

  • chroot
  • schroot: root権限なしでも使えるchroot
  • fakeroot: debianのパッケージをビルドするときに使われる

Antergosのインストール後にやることリスト

何でもaptで入る訳ではなくてpacmanとyaourtを使い分けないといけないようなのでパッケージ名だけではなくコマンドごと記録した。pacmanの使い方はarch wikiを参照する。

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2値、2次元でのMarching Cubes実装

Polygonising a scalar field (Marching Cubes)http://users.polytech.unice.fr/~lingrand/MarchingCubes/algo.htmlを見つつ実装した。ただし2つめのページにあるように表面に穴が開く場合がある。

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electron-packagerの使い方

devdocsのスタンドアロンなアプリが欲しいと思い探したところ、electronを利用したものとしてragingwind/devdogsegoist/devdocs-appを見つけた。electronはnodejsとchromiumを使用しているのでjavascriptを書くだけでデスクトップアプリケーションを作成できるもの。

これをパッケージングしようと考えて調べた所、asar、electron-packagerの記事を見つけた。

asarはelectron以外をパッケージング、electron-packagerはelectronごとパッケージングするという違いがある。以下はdevdocs-appが一応動くことを確認した際のメモ。

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npmの使い方

lilytermでショートカットに複数キーを割り当てる

lilytermは設定が簡単で、default.confを少しいじるだけで良くて気に入っている。デフォルトの例だとcopy_clipboard = Ctrl Deleteのような2キーによる設定しかないので3キー使うことが出来ないかと思いきやcopy_clipboard = Ctrl+Shift Cのようにすれば設定できる。