Rのクラス(S3~R6)

Rのオブジェクト指向について。細かい表現(=が入るかどうかなど)についてはリンク先で確認する。

Rの関数コールグラフ

Rのオブジェクト指向について調べていて、S3はlistだという表現が比喩なのかlistを使って実装されているのか気になった。ついでにS4クラスなどの実装も軽く調べておく。

Doxygenで生成されるdotファイルの種類

doxygenを実行すると、htmlディレクトリの下にdotファイルが複数生成される。シェルスクリプト弱者なので

import glob
dotfiles = glob.glob('*.dot')

としてdotファイル名のリストを得て、ソートしたりなどして分類した。

pydotplusでdoxygenで生成したdotファイルを操作する

dot言語はグラフ構造をテキストファイルで表したもの。pydotというライブラリが有名だそうだが、手元で動かなかったためpydotplus(pydotplus 2.0.2 : Python Package Index)というライブラリをインストールした。dotファイルを読み込んだあとは基本的にgetter/setterで値にアクセスする。pythonでgetter/setter書く例は少ないので実装を確認したところ、メンバ変数は実際には辞書で登録されていた。

MAプロット、RAプロット、Bland-Altmanプロット

抄読会でRNA-seqのデータ処理についての話を聞いて、その中で出てきたプロットが気になったのでpythonでやってみた。実際に可視化するときはRのパッケージを使ったほうが楽だと思う。

Point Cloud Library

3次元の点群を扱うライブラリ

• PCL - Point Cloud Library (PCL)
• PCLを触ってみよう！ | DERiVE コンピュータビジョン ブログ
• Point Cloud Library (PCL)の各モジュールの概要 - MyEnigma

法線推定

• Documentation - Point Cloud Library (PCL)
• 【シリーズ】「PCLを触ってみよう!」 第14回：Features その２ サーフェス法線の推定 | DERiVE コンピュータビジョン ブログ

Poisson Image Editing

以前の記事で利用したPoisson Surface Reconstructionのアルゴリズムを調べる前に2次元でポアソン方程式を解く手法について調べたところ、Poisson Image Editingを見つけた。この手法を3次元に拡張すると3次元メッシュも変形できる。

CGALのサンプルを実行する(その3)

http://doc.cgal.org/latest/Point_set_processing_3/index.html#Point_set_processing_3NormalOrientation を少し変更して実行した。

CGALのサンプルを実行する(その2)

前回の記事に続いてCGAL 4.8 - Point Set Processing: User Manualを実行してみる。aptで拾ってきたcgalだとバグがあるようで型エラーが取れなかったのでgithubからダウンロードしたソースコードをビルドして利用した。

CGALのサンプルを実行する

CGAL 4.8 - Poisson Surface Reconstruction: User Manualを実行した。以下概要。