MIKUセミナー11/12

今日のMIKUセミナーは「数学で生命の謎を解く」の第3章

第3章: 生物の長いリスト

生物の分類法について。

• アオガラをリンネの分類を用いて表記した例

階層	具体例
ドメイン	真核生物
界	動物
門	脊椎動物
綱	鳥
目	スズメ
科	シジュウカラ
属	キアニステス
種	カエルレウス

• 植物(30万種)、菌類など(3万種)
• 無脊椎動物(120万種、そのうち甲虫は40万種もいる)

• 脊椎動物(6万種)

• 系統樹は最尤法が使われたのが統計的な手法のはじまり。ブートストラップから本格的に信頼性のチェックが入りだしたっぽい。(第29回国際生物学賞 受賞者あいさつ ジョセフ・フェルゼンシュタイン博士)

• 系統樹以外の表記方法として車輪樹がある。
  • 普通の系統樹はもっともらしいものを1つ表示するだけ
  • 車輪図は曖昧なまま表示するための方法らしい
  • 信頼性の低い分岐は車輪を使う手法。車輪周りの並び方の順番でより近い種類を表し、遠いものはその逆。数字はその枝が一般的な系統樹を書いた時に分岐の主な枝になっている確率。

(http://cwt.cb.k.u-tokyo.ac.jp/jindex.htmlより)