tak0kadaの何でもノート

発声練習、生存確認用。

医学関連は 医学ノート

可視化

x軸を共有したグラフ、複数のy軸を持つグラフを描く

plt.add_axes()を用いた方法よりgridspecを用いた方法の方がレイアウトに気を使わず簡単にグラフを描けた。plt.setp(ax0.get_xticklabels(), visible=False)とplt.subplots_adjust(hspace=.0)が一方の軸を非表示にして、さらに2つのグラフをくっつけて描くの…

低体温療法のデータいじり(その2)

低体温療法続き。設定温度からの解離が旧システムと新システムで異なるか検定しようと考えたが、正しい手法を選択できているか怪しい。検定以前に背景の患者因子が揃っていないことに対する注意を払っていないのが大問題だが、そもそもデータが12人分しか手…

低体温療法のデータいじり(その1)

久しぶりにそれなりの量のスクリプトを書いた。set_major_formatterやxticksを使えばx軸の数字をいじることが出来る。

vispyで.objファイルをプロットする

OpenGLを使わずに.obj形式のメッシュの可視化を自由にしたい。vispyを試してみたところ、簡単だがOpenGLなしでは自由な表現が出来なかった。開発中で実装が充実している最中なので今後もっと使いやすくなるかも。以下メモ。

MAプロット、RAプロット、Bland-Altmanプロット

抄読会でRNA-seqのデータ処理についての話を聞いて、その中で出てきたプロットが気になったのでpythonでやってみた。実際に可視化するときはRのパッケージを使ったほうが楽だと思う。

球面調和関数とその可視化

球面上のポテンシャルなど極座標表示できるものを関数と表すとする。離散データは容量がかさばるのと特徴をつかみにくいという問題点があるので何らかの方法で連続化して表せると良い。そこで用いられる方法の一つが球面調和関数による展開である(他には球面…

OpenGL関連ライブラリ

OpenGLはクロスプラットフォームのグラフィックスAPI。プラットフォームに依存の機能はないので補助ライブラリとセットで用いる。以下のサードパーティライブラリはクロスプラットフォームに使えるものを挙げている。どれも同じというわけでなく、OpenGLその…