tak0kadaの何でもノート

発声練習、生存確認用。

医学関連は 医学ノート

Runge–Kutta–Fehlberg法メモ

メモ(あるいは丸コピー)です。当方はMolecular Biology of the Cellのシステム生物学の記載をきっかけに微分方程式に興味を持つようになっている。

多次元正規分布の導出

※分布の計算は院試に出ません

rdbファイル、rdxファイルとは何ぞや

Rを使った大学院講義に関するコメントを見た。関数の定義(実装)は何かを調べた受講生がいるとのことである。気になって自分も調べてみたところrdbファイルに辿り着いたのでメモ。

x軸を共有したグラフ、複数のy軸を持つグラフを描く

plt.add_axes()を用いた方法よりgridspecを用いた方法の方がレイアウトに気を使わず簡単にグラフを描けた。plt.setp(ax0.get_xticklabels(), visible=False)とplt.subplots_adjust(hspace=.0)が一方の軸を非表示にして、さらに2つのグラフをくっつけて描くの…

cymemというCython用のメモリ管理ライブラリ

現実逃避にyoutubeを見ていたところ情報業界にまでyoutuberが登場していた(C Programming for Machine Learning (LIVE) - YouTube)。真面目に見ていると中身がペラペラな感じは否めないが話すのは上手であり、ライブコーディング中にバグが取れなくなって詰…

ディリクレ過程の定義

確率空間〜確率過程〜ディリクレ過程(とディリクレ混合分布との関連)までの現状の雑な理解をメモしておく。なお当方は集合論、測度論未履修でありかなりいい加減である。

Bjarne Stroustrup氏来日

C++分かりたいので、知ってたら有給取ってでも聞きに行きたかった。 togetter.com

「Inside the C++ Object Model」を読んだ

C++ Primerの著者の一人である S. Lippmanの著書。C++コンパイラの前身?であるcfrontはC++→Cのトランスパイラとして実装されており、cfront2くらいの頃の変換規則を解説しており、多重継承を含む多態性をどのように実装したかに重点が置かれている。研究室に…

英語の勉強リソース(メモ)

学会に参加したが英語が聞き取れなくて困る。日本語でもついていくのが大変な内容だとなおつらい。通訳がいるありがたい勉強会もあるが、同時通訳は専門家ではないので訳が正しいとも限らない。今後を考えると少なくともリスニングの勉強は避けられなさそう…

第一種Fredholm方程式

ちょっと前にGhost cytometryという、フローサイトメトリーので細胞分離に細胞の形態を反映できるようにしたという論文がツイッターで話題になっていた。詳細はさておいて、この論文中では$g(t) = \int\int H(x+vt, y) I(x, y)\,dxdy$という積分方程式を解い…

低体温療法のデータいじり(その2)

低体温療法続き。設定温度からの解離が旧システムと新システムで異なるか検定しようと考えたが、正しい手法を選択できているか怪しい。検定以前に背景の患者因子が揃っていないことに対する注意を払っていないのが大問題だが、そもそもデータが12人分しか手…

低体温療法のデータいじり(その1)

久しぶりにそれなりの量のスクリプトを書いた。set_major_formatterやxticksを使えばx軸の数字をいじることが出来る。

継承、仮想継承したオブジェクトでのパフォーマンス計測

仮想継承のパフォーマンスへの影響はどうか調べた。以下は駄文

C++コンパイラの名前修飾

コンパイラは最終的にはバイナリの実行ファイルを生成するわけだが、少なくともCやC++の場合は分割コンパイルができるので複数のオブジェクトファイルをリンカで結びつけることになっている。リンカはC言語の形式でしか名前を処理できないので、コンパイラは…

Gnome 3.28でデスクトップのアイコンが表示されなくなったらしい

アップデートしたら見た目が変わっていた。Gnome 3.28 removes the option to display desktop icons. / Applications & Desktop Environments / Arch Linux Forumsによると、とりあえずCarlos Soriano / org.gnome.desktop-icons · GitLabからプラグインを…

Raspberry Pi Zero WHを買った

モデルの比較を見て値段が安いので選んだ。正規代理店の方が全体的にamazonより安い感じだった。一緒にケースとブレッドボードとジャンパーワイヤを買って送料込み3,834円、LEDは単品では売っていなかった。Pi3 ModelBは性能が良さそうだけど高い。。GPIOと…

ロボットアームの運動の行列表示など

<追記>進捗が出ておらず積みマイコンが1台生えたところで止まっているが、この件の方々は既成品を購入したとのこと。精密な動きが出来るものを作る能力があれば自分のおもちゃ制作に他人のお金を使えたということで自分の無能を大変後悔している。具体的には…

boost::serialization::singleton

メモ: static変数の初期化のテクニック boost::serializationにおけるsingletonの内部の仕組み - redboltzの日記

Cでのプログラミング作法

リンク先も含めて安全なコードを書くための情報が多く参考になる。コード例も多い。ただノンプログラマがどこまでやるべきかという問題が...そもそも安全なプログラムが必要ならルールベースではなくてコンパイルの段階で弾かれるようになっていそうなRustを…

dicomファイルをまとめて変換するスクリプト

病院で学術用途で匿名化された画像ファイルの出力を依頼すると、 /run/media/tak0kada/dvd/DICOM |--00000000 | |--00000000 | |--00000001 |--00000001 ... |--_DCM_INF | |--00000000 | | |--_DCM_IDX.txt | | |--overlay.txt ... というディレクトリ構成…

Rでのダックタイピング

R

先日参加した1細胞RNAseq解析勉強会は基本的なRプログラミングとシーケンサーから少し前処理したあとのリード数データの取り扱いについての講義であった。司会の先生が格好良くライブコーディングを披露されていたのでそれを観察していたのだが、一般的なオ…

研修ローテーションをプログラムで決める

初期研修医が8人いる某病院にて、彼(女)らが色々な診療科を回る順番を決めることになった。珍しいことに、そのうちの1人がプログラムで決めると言い張ったためパソコンによる厳正なマッチングが行われた。以下はプログラム片とコメント。

vimプラグイン作り方

Pythonでvim pluginを書く - Qiita Vimプラグインが出来るまで - ぼっち勉強会 Big Sky :: モテる男のVim script短期集中講座 neovimのプラグインをpythonで作る - Qiita

chrootなど

chroot Dockerとchrootを組み合わせたシンプルなコンテナデプロイツール - ゆううきブログ: chrootでいいじゃんという考え schroot: root権限なしでも使えるchroot fakeroot: debianのパッケージをビルドするときに使われる docker tail-island: 今更だけど…

Antergosのインストール後にやることリスト

何でもaptで入る訳ではなくてpacmanとyaourtを使い分けないといけないようなのでパッケージ名だけではなくコマンドごと記録した。pacmanの使い方はarch wikiを参照する。

2値、2次元でのMarching Cubes実装

Polygonising a scalar field (Marching Cubes)、http://users.polytech.unice.fr/~lingrand/MarchingCubes/algo.htmlを見つつ実装した。ただし2つめのページにあるように表面に穴が開く場合がある。

electron-packagerの使い方

devdocsのスタンドアロンなアプリが欲しいと思い探したところ、electronを利用したものとしてragingwind/devdogsとegoist/devdocs-appを見つけた。electronはnodejsとchromiumを使用しているのでjavascriptを書くだけでデスクトップアプリケーションを作成で…

npmの使い方

npm = Node Package Manager npm install package: ローカルにインストール npm install –save package: package.jsonのdependencyに追記される 開発する場合に必要な知識っぽい npm uninstall 違いが分からないもの npm remove npm unlink sudo npm install…

lilytermでショートカットに複数キーを割り当てる

lilytermは設定が簡単で、default.confを少しいじるだけで良くて気に入っている。デフォルトの例だとcopy_clipboard = Ctrl Deleteのような2キーによる設定しかないので3キー使うことが出来ないかと思いきやcopy_clipboard = Ctrl+Shift Cのようにすれば設定…

libnssを静的リンクできなかった

ubuntu15.10からantergosに移行したわけだが、先日書いたプログラムがlibboostの特定のバージョンに依存していたため動かなくなってしまった。今後は–staticにしたかったわけだが、最終的にはlibnssへの依存のためできなかった。とはいえ今後のためにメモ。